问题 创建参数R降价文档?


我想迭代我的R markdown文件中的结果集列表。当我生成输出时,我想要包含一些文本,例如带有结果集名称的标题。

我发现一个hacky解决方案是直接在这样的文档中硬编码html输出

## All results

```{r loopResults, echo=FALSE, results='asis'}
results = list(result1 = data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)), result2=data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)))

for(res in names(results)) {
  cat(paste("<h3>Results for: ", res, "</h3>>"))

  plot(results[[res]]$x, results[[res]]$y)
}

这似乎不是正确的做事方式,特别是因为我想在时间通过pandoc创建PDF文档,并且必须更改硬编码表达式。 (我目前有便利功能,如h3(文本,类型))。

有更好的方法吗?


7532
2018-02-19 13:58


起源

因为你正在使用 pandoc 你可能会找到包裹 pander 有用。特别是功能 ?pander::pandoc.header 可能有趣。 - johannes
这个 是 正确的方式。我相信,这里的真正问题是你不应该使用 <h3>;你应该使用markdown语法 ###  对于h3而言: en.wikipedia.org/wiki/Markdown#Headings - Yihui Xie
我相信最干净的解决方案将取决于循环内的内容。如果你在循环中有很多代码,那么实现你的所有内容 Rmd 将是最干净的。如果你在循环中有很多标记,那么使用 brew 模板作为中间体将导致更清洁的解决方案。 - Ramnath


答案:


我会结合使用 brew 和 knitr 为了达成这个。我会创建一个名为的brew模板 doc.brew 看起来像这样

<% for (res in names(results)) { -%>

### Results for: <%= res %>

```{r}
plot(results[["<%= res %>"]]$x, results[["<%= res %>"]]$y)
```

<% } %>

您现在可以运行以下代码来获得所需的输出

results = list(
  result1 = data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)), 
  result2=data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3))
)
brew::brew('doc.brew', 'doc.Rmd')
knit2html('doc.Rmd')

7
2018-02-19 21:51



这与我想做的最符合。虽然示例代码很短,但我正在查看的应用程序会更长。太糟糕了,模板是如此冗长,代码看起来非常混乱。 - svenski


一种可能性是使您的降价文件生成降价而不是HTML。例如 :

## All results

```{r loopResults, echo=FALSE, results='asis'}
results = list(result1 = data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)), result2=data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)))

for(res in names(results)) {
  cat(paste("Results for: ", res,"\n"))
  cat("=========================\n")
  plot(results[[res]]$x, results[[res]]$y)
  cat("\n")
}
```

如果你申请 knit() 在R中运行它,您将获得以下Markdown文件:

## All results

Results for:  result1 
=========================
![plot of chunk loopResults](figure/loopResults1.png) 
Results for:  result2 
=========================
![plot of chunk loopResults](figure/loopResults2.png) 

你应该可以使用 pandoc 从这个文件生成HTML或LaTeX?


4
2018-02-19 14:06





以下 https://gist.github.com/yihui/3145751 你可以编写一个包含的子模板并循环它。

foosub.Rmd

Results for `r res`
---------------------------

```{r}
 plot(results[[res]]$x, results[[res]]$y)
```

foo.Rmd

```{r loopResults, include=FALSE}
results = list(result1 = data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)), result2=data.frame(x=rnorm(3), y=rnorm(3)))
out=NULL

for(i in 1:length(results)) {
res = names(results)[i]
out = c(out, knit_child('foosub.Rmd', sprintf('foosub-%d.txt', i)))
}
```

`r paste(out, collapse = '\n')`

主文件中的代码块本身不会产生任何输出,它只是呈现子文档,每个结果一个,并将其全部存储在 out (这就是它的原因 include=FALSE)。所有格式化的输出都收集在 out 变量并由最后一行插入。

它有点尴尬,但它确实鼓励模块化,但它似乎并不像能够做到这么简单:

```{r}
for(i in 1:10){
```

Plot `r i`
-----------

```{r}
plot(1:i)
}
```

你不能。


4
2018-02-19 14:21





另一种解决方案 拉皮条

<% for (res in names(results)) { %>
### Results for: <%= res %>

<%=
plot(results[[res]]$x, results[[res]]$y)
%>
<% } %>

只是 Pandoc.brew 这一次是为了得到你想要的:

> Pandoc.brew('doc.brew')

### Results for: result1

![](/tmp/Rtmp4yQYfD/plots/568e18992923.png)

### Results for: result2

![](/tmp/Rtmp4yQYfD/plots/568e6008ed8f.png)

或者生成HTML / docx / etc.在一次运行:

> Pandoc.brew('doc.brew', output = tempfile(), convert = 'html')
> Pandoc.brew('doc.brew', output = tempfile(), convert = 'docx')

0
2018-03-09 10:49