问题 install.packages R在Ubuntu 12.04下载,但不安装包


我很困惑。我已经完成了这个过程十几次,从来没有遇到过这个问题。

我为Ubuntu安装了最新版本的R.

我输入R,没有任何问题,给我最新版本,我可以加载本机包。

但是当我尝试安装新软件包时,他们会下载,但我什么都没得到。例如,如果我安装ggp​​lot2:

> install.packages("ggplot2")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘colorspace’, ‘stringr’, ‘RColorBrewer’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘plyr’, ‘digest’, ‘gtable’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘proto’

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/colorspace_1.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 242791 bytes (237 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 237 Kb

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/stringr_0.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 20636 bytes (20 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 20 Kb

[snip ... ]

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2330942 bytes (2.2 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb


The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’
> library(ggplot2)
Error in library(ggplot2) : there is no package called ‘ggplot2’

我已经完全清除了文件很多次,但运气不好。

我以root身份登录。

我觉得我错过了一些明显的东西?我不知道 - 我在Ubuntu,Mac,Windows和Debian上做了十几次同样的事情。帮帮我?


7827
2018-02-17 18:53


起源

您是在Amazon EC2上还是类似的东西? - jdharrison
是的,我正在使用VPS(数字海洋)。我已经在Linode上完成了相同的安装过程十几次。这是另一条线索。我刚刚安装在一个单独的VPS上,它将是我的生产服务器,并且没有任何问题。 - Erik Westlund
当我在Amazon EC2上运行微实例时,我遇到了类似的问题。公羊是不够的,安装包装导致你所描述的。我通过启用一些交换来修复它 stackoverflow.com/questions/17173972/... - jdharrison
这很有效。谢谢。 - Erik Westlund
乐于帮助... - jdharrison


答案:


@jdharrison帮了忙。问题是我正在运行的VPS内存不足,所以我添加了一些交换,如下所述:

如何将交换添加到EC2实例?


7
2018-02-17 19:16





看看最后几行:

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’

你必须去目录 /tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages (cd ...) 然后按照上面指出的顺序手动安装它们。所以

R CMD INSTALL colorspace_1.2-4.tar.gz
R CMD INSTALL stringr_0.6.2.tar.gz
R CMD INSTALL ggplot2_0.9.3.1.tar.gz

然后试试library(ggplot2) 现在它应该工作

我不知道为什么你有时必须这样做...我知道我也很乐意学习它。


3
2018-02-17 19:06





如果您的服务器没有足够的RAM,则R无法安装软件包。

解决方案是增加物理内存,或增加交换文件的大小。

创建一个2 gig交换文件

sudo fallocate -l 2G /swap.img
sudo mkswap /swap.img
sudo swapon /swap.img

你可以看到有多少可用的免费交换 swapon 命令

root@foo:# swapon -s
Filename                Type        Size    Used    Priority
/swap.img                               file        2097148 213388  -1

3
2018-03-17 01:59