问题 将R数据直接写为csv到s3


我希望能够从a。直接将数据写入AWS s3中的存储桶 data.frame\ data.table 首先使用AWS CLI将对象作为csv文件而不将其写入磁盘。

obj.to.write.s3 <- data.frame(cbind(x1=rnorm(1e6),x2=rnorm(1e6,5,10),x3=rnorm(1e6,20,1)))

目前我先写入csv,然后上传到现有存储桶,然后使用以下命令删除文件:

fn <- 'new-file-name.csv'
write.csv(obj.to.write.s3,file=fn)
system(paste0('aws s3 ',fn,' s3://my-bucket-name/',fn))
system(paste0('rm ',fn))

我想要一个直接写入s3的函数?那可能吗?


4285
2018-05-06 18:17


起源



答案:


最简单的解决方案就是将.csv保存在 tempfile(),当您关闭R会话时将自动清除。

如果你只需要在内存中工作,你可以这样做 write.csv() 到rawConnection:

# write to an in-memory raw connection
zz <- rawConnection(raw(0), "r+")
write.csv(iris, zz)

# upload the object to S3
aws.s3::put_object(file = rawConnectionValue(zz),
    bucket = "bucketname", object = "iris.csv")

# close the connection
close(zz)

如果您不确定,可以通过从S3下载对象并将其读回R来检查这是否正常工作:

# check that it worked
## (option 1: save locally)
save_object(object = "iris.csv", bucket = "bucketname", file = "iris.csv")
read.csv("iris.csv")
## (option 2: keep in memory)
read.csv(text = rawToChar(get_object(object = "iris.csv", bucket = "bucketname")))

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2018-05-23 19:43





aws.s3 0.2.2 该 s3write_using() (和 s3read_using())功能被添加。

它们使事情变得更简单:

s3write_using(iris, FUN = write.csv,
                    bucket = "bucketname",
                    object = "objectname")

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2017-10-12 00:09





当然 - 但是“保存到文件”要求您的操作系统将所需的目标目录视为可访问的文件系统。所以从本质上讲,你“只需”安装S3。这里有一个 快速谷歌搜索 对于那个话题。

另一种方法是写入临时文件,然后使用您用于传输文件的任何内容。您可以将这两个操作编码为简单的辅助函数。


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2018-05-06 18:22